金纯仁生于1869年4月25日法国巴黎的一个英国宣教士家庭。1883年09月11日受洗归主，1886年至1891年金纯仁先在理氏学院读书、其后进入剑桥大学凯氏学院继续攻读。三年后以甲级自然科优异成绩毕业，1891年夏、金纯仁考入伦敦医院附属医学院于1896以优异成绩毕业，1897年以医生宣教士的身份加入内地会到中国去宣教。1923年2月10日、金纯仁一家四口第三次返国述职。