扁颅蝠被列入《中国濒危动物红皮书》，是我国最小的蝙蝠之一。因其栖息于竹子中的特殊习性而备受人们关注。研究显示，扁颅蝠选择有虫蚀的粉单竹(Lingnania chungin)竹林栖息(洞口平均为43.79 mm×11.94 mm)。1997年8月在四川南充市金城山(N30°40'，E106°18')发现的扁颅蝠，为其地理上最北分布。