根据《中共江苏省委、江苏省人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2010〕19号）和《中共南通市委、南通市人民政府关于印发〈南通市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（通委〔2010〕19号），设立市环境保护局，为市政府工作部门。2018年12月，机构改革中不再保留南通市环境保护局。