黑籽水蜈蚣根状茎横生，粗而长，节间短，为褐色鳞片所被复，每一节上抽出1秆。秆多数，近于散生，高30-100厘米，极扁的三稜形，有时近于扁的，平滑，基部稍膨大呈鳞茎状，外被长鞘；鞘圆筒形，褐色，鞘口斜截形，顶端具短尖，边缘干膜质，最上面1-2个鞘顶端具叶片。叶短于秆，宽3-5毫米，平张，上端边缘具刺。