马鞭鱼科身体非常细长若蛇形，前半部平扁，後半部成圆柱形，吻部细长如同一根吸管。口极小，位于吻部前端，又称为「端位」。没有牙齿，下颌无须，鱼鳃没有具滤食功能的鳃耙。马鞭鱼全身光滑无鱼鳞，或是覆盖著细小的棘刺，具侧线。背鳍没有硬棘，有软鳍条13-20条，臀鳍之软鳍条也有 13-20 条，与背鳍的上下位置相对。尾鳍中间凹入成叉形，尾鳍的特征为：中间有两条软鳍条特别长，像丝状一般随著游动方向摆动。