马家垸遗址是现存城垣内侧护坡平缓，外侧坡面陡直。古城西依东港河，北、东、南为人工水道，与东港河流连为一体。城内有一条河道，由西北流向东南，与护城河贯通。东、南、西、北城垣各设一道门，其中东、西城垣为水门。据专家考证，这是长江流域同期考古发现中保存最好、最完整的新时器时代文化遗址。