食品生物污染源是含有微生物的土壤、水体、飘浮在空中的尘埃、人和动物的胃肠道、鼻咽和皮肤的排泄物；自然环境中生存的寄生虫、昆虫等。它们或直接污染食品，或经由其他方式间接污染食品。如果动、植物感染患病，则以这种动、植物为原料加工制成的食品，也会含有大量的生物有害物质。