鞭毛蛋白是构成细菌的鞭毛纤维的粒状蛋白质。其分子量可因菌种而异，肠细菌群的是5-6万，而芽孢杆菌属据报道为3万左右。这种蛋白质的氨基酸组成也因菌种而异，但都含有多量的天冬氨酸、苏氨酸、谷氨酸，而不含半胱氨酸和色氨酸。