重庆市文物考古所成立于2000年，是伴随重庆直辖、三峡库区文物保护工作的全面启动而诞生的一支省级专业考古单位。按照重庆市编委与重庆市文物局规定的工作职能，重庆市文物考古所主要承担全市范围内的考古调查、勘探、发掘，地面文物保护，文物科技保护与修复，区县业务指导四个方面的文化遗产保护工作。2008年7月，重庆市文物考古所挂牌重庆文化遗产保护中心。