酸性蛋白酶是指蛋白酶具有较低的最适pH，而不是指酸性基团存在于酶的活性部位，酸性蛋白酶的最适PH从2左右(胃蛋白酶)到4左右。从酶的活力-PH曲线分析，在酶的活性部位中含有一个或更多的羧基。这一类蛋白酶中研究最彻底的是胃蛋白酶。