都水清吏司是明清时期工部下设的机构。设郎中 6人（满 5人，汉 1人）、员外郎 6人（满 5人、汉 1人）、主事 6人（满 4人，汉 2人）。笔帖式若干人，经承 9人。司下设都吏、河防、桥道、织造、柜、杂六科和算房、火房，分掌本司事务。