连云港海关现为正处级单位，归属南京关区领导，负责连云港口岸进出境货物、运输工具监管，进出境人员行李物品验放，同时办理征收关税和其他税费，查缉走私，编制海关统计等海关业务。2017年11月，获评为第五届全国文明单位。