近轴眼虫的细胞极易变形，纺锤形，前端渐窄呈狭圆形，后端渐细成一无色尾。表质具自左向右的螺旋形线纹。色素体盘状，多数，无蛋白核。鞭毛约为体长的1-1.5倍。眼点明显，呈表玻形。细胞长50-97μm，宽16-25μm。