赤湾站为深圳地铁2号线与深圳地铁5号线的换乘车站。位于深圳市南山区疏港路西侧地下，赤湾山和小南山之间的赤湾片区，赤湾六路和港航路北侧的仓储地块内，设置在垂直于港航路北侧的规划路地下，车站主体呈南北向布置。本站为2号线的西终点站，5号线的南终点站。