虹口区卫生局是区人民政府主管全区卫生工作的行政职能部门。卫生业务隶属于上海市卫生局。区卫生局依据相关性卫生法律法规对辖区内各级各类医院实施国家卫生行政管理；并受政府委托对区属卫生医疗机构的人、财、物实施行政管理。