根据山东省委、省政府批准的《菏泽市人民政府机构改革方案》（鲁厅字〔2009〕47号）和《中共菏泽市委菏泽市人民政府关于菏泽市人民政府机构改革的实施意见》（菏发〔2009〕25号），设立菏泽市林业局，为菏泽市政府工作部门。2019年11月19日，获第四届“中国林业产业突出贡献奖”。