莒南县农业局为正科级行政单位，是全县农业行政主管部门。2002年6月莒南县农业委员会和莒南县农业局合并，组建莒南县农业局，莒南县农业高新技术实验区办公室并入莒南县农业局，莒南县农业委员会、莒南县农业高新技术实验区办公室职能同时划归莒南县农业局。