药剂杀菌指采用化学药物杀灭微生物的方法，这种方法主要用于设备及场地的杀菌。设备上的大量有机物可能会在微生物表面形成保护层，妨碍药剂与微生物的接触，使其杀菌能力下降; 此外杀菌剂还受PH 值等条件的影响，由于杀菌效果在很大程度上受到制约，有可能造成食品的二次污染。