《船长日志》故事开始于大航海时代结束已经15年，和妈妈在外生活和求学的小哥伦布，毕业之后来到父亲出生的港口，怀揣着冒险的梦想，由于父亲临行时的约定“新世界”，想要前往新世界追寻父亲。但是面临港口荒废衰败的现状，开始建设港口，重振贸易，组建船队，开始冒险之旅。