航空总医院拥有一个总部、四个门诊部和四个社区服务站，专业设置齐全，下设47个临床、医技科室。承担着中国航空工业集团公司50万员工的职业病防治、医疗保健工作，肩负着大型飞行试验的医疗保障和周边100余万居民的医疗保健任务。