根据广东省国家税务局《关于肇庆市国家税务局系统机构改革方案的批复》（粤国税函[2009]570号）文件要求，广东省肇庆市国家税务局根据工作职责，相应设置内设机构、直属机构和事业单位。2018年7月5日上午，国家税务总局肇庆市税务局挂牌仪式在端州举行，标志着原肇庆市国家税务局、原肇庆市地方税务局正式合并。