药物分子与蛋白质分子相互结合的主要部位是蛋白质上的碱性氨基酸残基，相互作用力主要有静电作用、氢键、疏水作用、范德华力和电荷转移作用，通常药物与蛋白之间的相互作用并不是一种作用力的单独作用，而是多种作用力的协同作用。这种相互作用的量化参数就是药物与蛋白的结合常数Ka。