细菌性肠炎发病机理较为复杂，致病菌借菌毛粘附于肠粘膜上皮细胞，使细菌能在肠壁生长繁殖，成为致病的先决条件。细菌性肠炎的病原菌可分产肠毒素性和侵袭性两大类。不同病原菌引起的肠炎，有不同的发病机理和临床表现。