纤毛亚门，Ciliophora，原生动物的一个亚门，其特征是︰在生活环的某一时期中具有短发状运动小器官——纤毛。纤毛亚门的原生动物约有8,000个现存种，纤毛通常呈行列状，可汇合成波动膜、小膜或棘毛。绝大多数纤毛虫具有一层柔软的表膜和近体表的伸缩泡。有些有丝泡、毒囊或菌囊等小器官，其功能尚不甚了解。