紫萁科最奇特之处，就是大部分种类长孢子囊的地方都看不到叶片，孢子囊就直接绕着脉生长，这与其他薄囊蕨类长在叶背的情形可说是大异其趣。不过，紫萁科最重要的关键特征，其实是它圆球形且顶部开裂的孢子囊。紫萁科是根状茎粗大，直立或横卧，外围布满宿存的叶柄基部往往成树干状，叶簇生顶部，二型或在同一叶上的羽片有能育和不育之分，成年的能育叶（或能育羽片）不具叶绿素，强度狭缩，下表面布满孢子囊。