番禺汽车客运站始建于2002年，于2004年6月份竣工，2004年12月正式投入使用。客运站是根据番禺现代化城市发展的需要，为配合交通运输业的发展，改善中心城区客运交通状况而规划建设的，是广州市南部公路客运的主枢纽站，也是目前广州地区规模最大的主枢纽站。