定量构效关系研究方法有多种，多数方法需用定量的生物活性数据，有些方法可以使用半定量的生物活性数据，而有的方法则可应用于定性的活性数据。但是通常所说的定量构效关系，系指应用定量的生物活性数据进行构效关系的研究。因此，生物活性数据的可靠性(即精确性)及是否符合定量构效关系研究的需要，是关系到研究结果的可信性问题。