甘草店镇位于榆中县东南部，地处苑川河中游，距县城25公里。北靠韦营乡，南连高崖镇，西依清水驿乡，东邻定西安定区。东西长约16公里，南北宽约15.6公里，总面积121.48平方千米。全镇辖13个行政村，84个村民小组。甘草店镇是历史上甘肃中部的重要交通枢纽，是连接甘、陕、川、青的“旱码头”，也是丝绸之路的必经之路。