崇德元年（公元1636年），皇太极创立了主管少数民族事务的专门机构——“蒙古衙门”。崇德三年六月，改蒙古衙门为理藩院。《光绪会典事例》卷20记载，康熙曾追述当年设理藩院的用意说：“太宗文皇帝时，蒙古部落尽来归附，设立理藩院，专管外藩事务”。