滨州市地税局内设办公室、考核办、政策法规科、税收管理一科、税收管理二科、征收管理科、计划统计科、财务装备科、组织人事科、政治工作科、纪检监察室、机关党委、信息管理中心、巡视检查办公室、纳税服务中心等科室；以及稽查局、直属局两个分局。2018年7月5日，新组建的国家税务总局滨州市税务局挂牌成立，标志着原滨州市国家税务局、滨州市地方税务局正式合并。