温州市国家税务局是根据中央关于实行分税制财政体制，组建中央和地方两个税务机构的改革要求，于1994年10月正式挂牌成立的。2018年7月5日，新组建的国家税务总局温州市税务局正式挂牌成立。这也标志着原温州市国家税务局、温州市地方税务局正式合并。