幼鱼时期的深海珊瑚神仙，体一致柠檬黄色，体侧后上方具一黑色圆形斑点。当深海珊瑚神仙长至成鱼时，体色变为一致橙黄色，具柠檬黄色眼圈，各鳍与体色一致。深海珊瑚神仙和黑点神仙（Centropyge nigriocella）比较相似，区别在于黑点神仙的胸鳍具一黑色圆形斑点，而深海珊瑚神仙是没有的。