浮游细菌，是指水体中营浮游生活的原核生物类群，主要包括自养和异养细菌及古细菌，总体上异养细菌的数量要远大于自养细菌，尽管绝大多数的浮游细菌个体大小只有0.2-2微米，但是它们在水生生态系统生物地球化学循环中具有极其重要的作用整个淡水生态系统中的物质和能量循环几乎完全依赖于浮游细菌的作用。