棉枯萎病菌能在棉花整个生长发育季节侵染和为害棉花，在自然条件下，苗期感病的棉株在播种后1个月左右即可显露症状，定苗至现蕾期，出现第一个发病高峰，棉苗大量萎蔫、死亡，夏季高温季节，病菌生长受到抑制，病势发展缓慢，症状呈现隐蔽，至秋季多雨，气温下降，病蓖生长旺盛，出现第二个发病高峰。