土壤杆菌最主要特性是，它们能够诱发植物产生肿瘤（当然，也已经从自然界中分离出一些不能诱发植物产生肿瘤的无毒的土壤杆菌菌株）。能够诱发冠瘿的土壤杆菌分类为根瘤土壤杆菌，而能够诱发茎瘿的土壤杆菌分类为毛根土壤杆菌，它们是分布广泛的植物疾病“冠瘿病”和“毛根病”的病原菌，所以习惯上又称这类菌株为毒性菌株。