只能水解RNA磷酸二酯键的酶称核糖核酸酶(ribonuclease，RNase)。不同的RNase其专一性不同，例如牛胰核糖核酸酶(RNase I)，它的作用位点是嘧啶核苷3’一磷酸与其他核苷酸之间的连接键，而核糖核酸酶T1(RNase T1)的作用位点是3L鸟苷酸与其他相邻核酸之间的5’一OH间的连键。