林荣耀于1957年毕业于台湾大学药学系，以及1960年毕业于台大医学院生化研究所，于1962年获聘为台大医学院生化学研究所讲师，1963年获国科会奖学金出国至美国加州大学柏克莱校区进修，于1967年获分子生物哲学博士学位回国服务，1967年升为副教授，以及1972年荣升为教授，并于1978~1984年间任台大医学院生化所所长。于1984~1991年任国科会生物处处长。