1005年晴明去世，晴明神社在寛弘4年（1007年）由一条天皇下令将晴明宅邸遗迹改造而成的。神社社地广阔，后因战火和丰臣秀吉整备都市等原因逐渐缩小，神殿几近荒芜。 幕末以后，晴明子孙整修了社殿及境内院落，主要建筑恢复于1925年。1950年堀川通向神社内地扩张。