昌吉市地方税务局机关内设办公室、人教科、计征科、监察室、税政法规科、管理科6个科室；外设硫磺沟、榆树沟、大西渠、六工6 个乡镇税务所，负责农区各乡镇的企业和个体工商业户的税收征管；计征科下设城区征收所负责城区企业税收的征收及发票代开业务；设置城区管理一所、二所，主要对城区企业的日常税收征管；设置延南税务、延北税务所对城区个体工商业户进行日常的税收管理。