新疆马鹿是马鹿种群分布在新疆所有亚种的通称，包括3个亚种(塔里木亚种C.e.yarkandensis、天山亚种C.e.songaricus和阿勒泰亚种C.e.sibiricus)，新疆马鹿的野外种群已经基本在本世纪初绝灭。