自1994年新疆维吾尔自治区地方税务局成立以来，承担着新疆166万平方公里的征收管理工作，主要征收营业税、企业所得税、个人所得税等13个税种。全区地税系统下设19个地州市地税局（不包括直征局和稽查局），86个县（市、区）地税局，其他直属派出机构22个，294个基层税务所。2018年6月15日，国家税务总局新疆维吾尔自治区税务局在乌鲁木齐市挂牌成立，原新疆维吾尔自治区国家税务局、新疆维吾尔自治区地方税务局正式合并。