1994年9月28日，惠州市国家税务局正式挂牌成立，是惠州市主管国家税务工作的行政管理机构。为正处级全职能局，下辖6个县（区）国税局，市局机关现内设13个职能科室、2个直属机构、1个派驻机构、3个事业单位。2005年，惠州国税税收总收入突破100亿元大关；2008年，全市国税总收入突破200亿元大关。2018年7月5日，国家税务总局惠州市税务局正式挂牌，标志着原惠州市国家税务局、原惠州市地方税务局正式合并。