故事讲述了时值明治，距离帝都遥远的山口县小村庄，发生一夜间遭全灭之事件。陆军特秘机关零武队著手调查此一事件，零武队队长之子日明天马与友人帝月、琉璃男同时来到赤间关。 在这儿，他们看到的是——“不可能存在於这个世上的东西”！