异基短肠蕨与原变种的区别在于形体较粗壮高大，根状茎均为横卧，小羽片基部不对称，下侧的裂片显著较大，小脉在下部羽片多数小羽片中部以下的裂片上以及在中、上部羽片下部小羽片的基部裂片上大多二叉或羽状，孢子周壁表面具小片状及钝刺状纹饰。