常熟市卫生局是根据《中共苏州市委、苏州市人民政府关于印发〈常熟市人民政府机构改革方案〉的通知》（苏委〔2009〕275号）、《中共常熟市委、常熟市人民政府关于印发〈常熟市人民政府机构改革实施意见〉的通知》（常发〔2010〕4号）和苏州市机构编制委员会《关于同意县级市食品药品监督管理局机构设置调整的通知》（苏编发〔2010〕14号）而设立，常熟市卫生局为市政府工作部门，正科级建制，与常熟市食品药品监督管理局合署办公。