巴音郭楞蒙古自治州国家税务局是主管巴音郭楞蒙古自治州国家税收工作的行政机构，实行垂直领导管理体制，正处级建制。2018年7月5日，国家税务总局巴音郭楞蒙古自治州税务局在库尔勒市挂牌成立，原巴音郭楞蒙古自治州国家税务局、巴音郭楞蒙古自治州地方税务局正式合并。