宿迁市国税局成立于1996年9月，内设12个行政处室，下辖宿豫、沭阳、泗阳、泗洪、市开发区等5个县（区）国税局和市局稽查局、车购税管理分局等2个直属机构及市局第一税务分局。2018年7月5日，新组建的国家税务总局宿迁市税务局挂牌成立，标志着原宿迁市国家税务局、宿迁市地方税务局正式合并。