孙秀菊的主要研究兴趣：以肿瘤相关的重要基因为靶点，在分子、细胞、组织以及整体等不同水平，从经典遗传学及表观遗传学等不同角度研究微环境因素尤其是低氧对肿瘤发生进展的影响及其潜在的临床应用价值。重点研究S100A4等与胃癌的关系。首先从不同水平、角度观察了S100A4在胃癌发生进展中的作用，基因表达分析结合临床病理学的研究结果显示S100A4高表达与胃癌侵袭转移相关；细胞分子生物学及动物实验研究表明，RNA干扰抑制S100A4表达后，胃癌细胞体外及裸鼠体内增殖能力显著降低(Cancer Letter,2010)，失巢凋亡增强(Cancer Sci 2011)，初步证实S100A4在胃癌发生及进展中...