娄底市交通运输局是主管全市公路、水路交通运输行业的职能部门，内设办公室、人事科、财务科、政策法规科、规划计划科、基本建设科、交通运输管理科、安全科、监察室、交通工会等10个职能科室；归口管理市公路局；局属二级单位有市道路运输管理处、市地方海事局、市农村公路管理处、市交通工程质量安全监督管理处、市城市客运管理处、市交通重点项目办、市公交总公司等7个；局直机关共有在职职工389人，市交通运输局对全市5个县市区交通运输局实行行业管理和业务指导。全市交通系统共有干部职工5417人。