塔里木河流域管理局成立时为全额拨款副厅级事业单位，自治区编委于2001年4月16日以新机编字[2001]17号文下发了“关于新疆维吾尔自治区塔里木河流域管理局升格的批复”，将塔里木河流域管理局由副厅级升格为全额拨款正厅级事业单位。